تهیه نقشه باستان‌شناسی و اطلس باستان‌شناسی کشور امروز به یکی از دغدغه‌ها و چالش‌های حوزه باستان‌شناسی کشور تبدیل شده است؛ دغدغه‌ای که بیشتر بزرگان و پیشکسوتان این حوزه تهیه و تدوینش را خواستارند، هر چند باستان‌شناسان معتقدند هیچ‌گاه تکمیل نمی‌شود.
ایده تهیه نقشه باستان‌شناسی ایران به صورت رسمی توسط مرحوم عزت‌الله نگهبان در حدود ۵۴ سال قبل مطرح شد، ایده‌ای که هر قدر به زمان معاصر نزدیک‌تر شد از فیش‌برداری اطلاعات و تهیه آرشیو و بایگانی کردن اطلاعات به اهداف گسترده‌تر و تجهیزات پیشرفته‌تری رسیده است.
سال ۱۳۸۶ گروه نقشه باستان‌شناسی تصمیم به اجرای طرح نقشه باستان‌شناسی با استفاده از تکنولوژی به روز و کارآمد گرفت و در نهایت با برگزاری جلسات مختلف چگونگی نقشه تهیه باستان‌شناسی، قابلیت‌ها، ویژگی‌های آن در راستای اهداف کوتاه، بلند، میان‌مدت و بلندمدت بررسی شدند تا لایه‌های اطلاعاتی مربوط به باستان‌شناسی ایران و سایر علوم میان‌رشته‌ای براساس نیاز روی نقشه باستان‌شناسی جانمایی شوند.
اما از سوی دیگر با تکمیل این نقشه که خود به مرور اطلس باستان‌شناسی را تکمیل می‌کند، لایه‌های مربوط به محیط زیست ایران، منابع معدنی، زمین‌شناسی، اقلیم، مکان‌های سیاسی و تقسیمات کشوری در نقشه پایه شکل می‌گیرند و در نهایت انبوهی از اطلاعاتِ مکانی در اختیار می‌گیرد که می‌تواند در سنجش فعالیت‌های عمرانی استفاده شود و پوشش آثار باستان‌شناسی ایران را با توجه به لایه‌های اطلاعاتی دیگر نشان دهد، نقشه‌ای که قطعا در دسترس عموم قرار دادنش به این حوزه تاریخی و پژوهشی آسیب‌های غیرقابل جبرانی را هم وارد می‌کند.
اکنون روح‌الله شیرازی – رییس پژوهشکده باستان‌شناسی – از روند تهیه این نقشه و در ادامه تهیه اطلس باستان‌شناسی کشور می‌گوید.
او با تاکید بر پیشرفت‌های بسیار خوبی که تهیه اطلس باستان‌شناسی و به ویژه نقشه باستان‌شناسی داشته است، می‌گوید: با توجه به طی شدن مراحل بارگذاری سامانه نقشه باستان‌شناسی کشور (تحت وب) در سرور پژوهشکده باستان‌شناسی پژوهشگاه، پیش‌بینی می‌شود این سامانه که با کمک دانشکده جغرافیایی دانشگاه تهران طراحی و آماده‌سازی شده، از اوایل آبان‌ماه جاری عملکرد آزمایشی خود را آغاز کند، که اکنون نقاط روی این سامانه در حال بارگذاری هستند.
او با بیان این‌که در حال حاضر داده‌ها به صورت منظم روی نقشه قرار می‌گیرند تا طرح تکمیل شود، ادامه می‌دهد: سامانه جدید تازه طراحی‌شده، تفاوت‌هایی با سامانه قدیمی دارد. این اکنون کامل‌تر و بهتر است و می‌توان اطلاعات را به درستی و به صورت مفصل‌تر روی نقشه قرار داد، به گونه‌ای که نقطه‌گذاری و عملکرد توصیفی و تصویری نیز روی نقشه جایگاه خاص خود را دارند.
این باستان‌شناس با تاکید بر این‌که در سامانه قدیمی نقشه باستان‌شناسی بخش زیادی از اطلاعات جانمایی و ثبت شده‌اند، می‌افزاید: آن فقط در دسترس پژوهشکده باستان‌شناسی است، هر چند سامانه جدید نیز هیچ‌گاه در دسترس همگان قرار نمی‌گیرد، چون نمی‌توان این اطلاعات را به طور کامل در فضاهای عمومی قرار داد، اما با این وجود هر دو سامانه به عنوان مکمل یکدیگر باقی می‌مانند، چون بخش زیادی از اطلاعات در این سال‌ها در آن ثبت شده‌اند و قطعا حدود دو سال برای وارد کردن اطلاعات به سامانه جدید زمان نیاز است.
رییس پژوهشکده باستان‌شناسی اما با تاکید بر این‌که بررسی‌های باستان‌شناسانه برای تکمیل نقشه اکنون در همه استان‌ها در حال انجام است و باستان‌شناسان برخی استان‌ها نیز اقدامات نهایی برای تکمیل کار خود را انجام می‌دهند، ادامه می‌دهد: از سوی دیگر تهیه و تدوین این نقشه در برخی استان‌های دیگر ناقص‌تر است و به همین دلیل در حال انجامِ برنامه‌ریزی‌هایی برای استان‌هایی هستیم که در این زمینه با نواقصی مواجه هستند تا با هدایت برنامه‌های بررسی و شناسایی، به تکمیلِ سریع‌تر آن کمک کنیم.
به گفته رییس پژوهشکده باستان‌شناسی، استان‌هایی مانند فارس، خوزستان، کرمانشاه، آذربایجان غربی و سیستان و بلوچستان از پیشرفت خوبی در این زمینه برخوردار بوده‌اند و استان‌هایی مانند کرمان و خراسان جنوبی نیز وضعیت نسبتا خوبی در پیشرفت تکمیل نقشه دارند.
شیرازی اما درباره تهیه «اطلس باستان‌شناسی کشور» اظهار می‌کند: نخست باید نقشه باستان‌شناسی را تهیه و تدوین کرد، چون بعد از تکمیل نقشه، طبیعتا اطلس باستان‌شناسی نیز آماده می‌شود. در واقع اطلس و نقشه باستان‌شناسی به گونه‌ای با یکدیگر در ارتباطی نزدیک هستند و تا زمانی‌که نقشه کامل نباشد، اطلسِ کاملی برای باستان‌شناسی کشور نخواهیم داشت.