آقای فخریزاده از سال ۷۷ به وزارت دفاع مأمور شد و در پروژه تحول صنعت هستهای نقش اساسی داشت. بر اساس این اصل و ایده که نیروهای نظامی در دوران صلح باید در بازسازی کشور شرکت کنند، ایشان هم به عنوان فردی که در واحد علمی بر مباحثی نظیر صوت، لیزر و هستهای مسلط بود به عنوان پشتیبان انرژی اتمی وارد عمل شد.